ホームページを長く運用すると、削除した記事、変更前のURL、外部サイトの古いリンクなどから、存在しないページへのアクセスが発生します。404が一件あるだけで検索評価が下がるわけではありません。
問題は、存在しないURLに対して正常ページを示す「200」を返したり、すべてトップページへ転送したりして、訪問者と検索エンジンを迷わせることです。

旧ページと内容が近い後継ページがある場合は、そのページへ恒久的な転送を設定します。後継がなく、内容も提供しないなら404または410を返します。

関係のないトップページへの一律転送は、探していた情報に着けないため親切ではありません。URLごとに、移転、統合、削除のどれかを判断します。

Googleは、画面上で「見つかりません」と表示しながらHTTPステータスが200のページをsoft 404として扱うことがあります。エラーページのデザインを整えても、サーバーが404を返さなければ技術的には正しくありません。

制作会社へ確認するときは、ブラウザの見た目だけでなく、存在しないURLのレスポンスコードも確認してもらいます。

404ページに載せたい要素
　・ページが見つからないことを平易に伝える文
　・トップページへのリンク
　・主要サービスやよく読まれる記事へのリンク
　・サイト内検索またはカテゴリへの導線
　・リンク切れを知らせる問い合わせ先

通常ページと同じヘッダーやフッターを残すと、訪問者が迷いにくくなります。一方、情報を詰め込みすぎると目的を選べません。主要な導線を三つから五つ程度に絞ると実用的です。

404が増えたら、どのURLで発生しているかを確認します。サイト内リンクが原因ならリンクを修正し、外部リンクや古いブックマークが多い重要URLなら、適切な後継ページへの転送を検討します。

削除したURLが404になること自体は正常です。件数をゼロにするため、無関係な転送を大量に作る必要はありません。

存在しないURLで404が返るか、案内リンクが動くか、スマートフォンでも読みやすいかを確認します。リニューアル時は旧URL一覧と新URL一覧を突き合わせ、転送漏れを先に減らしておくことが重要です。